Научно-практический институт спортивной медицины и реабилитации был основан в августе 2014 года по инициативе Министерства молодежи и спорта Азербайджанской Республики. Создание института совпало с подготовкой азербайджанских спортсменов к участию в Европейских играх 2015 года. На церемонии открытия присутствовали Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев, первая леди Азербайджана Мехрибан Алиева, а также министр молодежи и спорта Азад Рахимов.
Основная цель института заключается во всесторонней поддержке развития спорта высокого достижения и восстановлении спортсменов, защищающих национальный флаг Азербайджана, с возможностью максимально быстрого и безопасного возвращения к полноценным тренировкам и участию в спортивных соревнованиях. Открытие института имеет целью улучшение результатов в спорте и повышение безопасности через международный опыт сотрудничества врачей и тренеров. Также институт нацелен на подготовку медицинских кадров в области спортивной медицины, биомеханики, оптической кинематики и других областях на современном уровне.
Важным элементом работы института является создание базы данных "Медицинский паспорт спортсмена", которая содержит информацию о физическом развитии спортсменов, функциональном состоянии их организма, тренировочном процессе, восстановлении после травм, болезнях и вмешательствах, а также анализ этих данных.
В институте созданы и функционируют клинические, научные и учебные подразделения.
Развитие спортивной медицины в стране, построение реабилитации спортсменов на научных основах с учетом современных требований, а также внедрение медицинско-биологического обеспечения в спорте.
Основные направления деятельности института включают: